引物長度:
引物長度通常在15~30bp之間,常用的為18~27bp。
不建議引物長度大于38bp,因為過長的引物可能導致與模板DNA的結合能力下降,并且最適延伸溫度可能超過Taq DNA聚合酶的最適溫度(74℃),從而影響產物的特異性。
GC含量:
G+C含量應在40%~60%之間,以45%~55%為宜。
上下游引物的GC含量應保持接近,以確保Tm值(熔解溫度)相近,使得復性條件最佳。
Tm值:
引物所對應模板位置序列的Tm值應在72℃左右,這有助于優化PCR反應條件。
避免自身互補:
引物設計時應避免含有自身互補的堿基序列,以防止引物之間形成二聚體,影響PCR擴增效率。
避免特定結構:
引物設計時應盡量避免出現二硫鍵或普魯文結構(如三個或四個相鄰的G或C堿基),這些結構可能影響引物的穩定性和PCR擴增效率。
修飾:
在引物的3'端末端,可以引入一些修飾,如磷酸化或5-末端的過氧化磷酸,以提高合成效率和PCR反應的特異性。